L'Amministrazione.
L'esercito è formato in gran parte di provvisionati (mercenari), guidati da un Capitano Generale di Santa Chiesa, carica pari solo al Capitano Generale della Flotta.
I fondi per l'esercito sono generalmente reperiti mediante prestiti. Clemente VII istituisce per questo motivo il primo "Monte" (1526).
Il provveditore di campo, di nomina pontificia, svolge compiti di controllo affiancato dai comissari di cavalleria e d'artiglieria.
Il Bollator Equorum svolge compiti amministrativi con l'obbligo di aggiornare appositi registri (truppe assoldate, armi e cavalli). La carica spetta tradizionalmente alla famiglia Ponziani.
Il Collatorerale svolge compiti ispettivi e giudiziari, cura i contratti e l'amministrazione. La carica spetta tradizionalmente alla famiglia Grosso.

La Milizia dello Stato Pontificio.
La prima milizia stabile dello stato pontificio è istituita da papa Pio IV (Giovanni Angelo Medici), organizzata in legioni (guidate da colonnelli) ognuna di 4 battaglie (guidate da un sergente maggiore) di 4 compagnie di 250 fanti (guidati da un capitano). Il totale teorico è di 15.000 cavalieri in 10 cornette e 70.000 fanti, dei quali 12.000 forniti dalla città di Roma.
Il primo a ricoprire la carica di maestro di campo generale è Innocenzo Capizucchi (3 V 1563), veterano di Fiandra e Germania.
Alla fine del XVII secolo la città di Roma fornisce 1.300 fanti e 60 corazze, Civitavecchia 300 fanti e 7 bombardieri, Ferrara 960 fanti, 50 e 6 bombardieri carabini, Forte Urbano 300 fanti e 36 bombardieri. I presidi delle fortezze ammontano a 2.966 uomini.
Il Commissario del Mare dispone di 910 uomini e 42 bombardieri.
L'aristocrazia forma i reparti d'onore dei Cavalleggeri e delle Lance Spezzate.

L'Inventario dell'Armeria Vaticana.
Le principali armerie sono quella del Palazzo Vaticano e quella di Castel Sant'Angelo, delle quali è disponibile l'inventario del 1627. Sono presenti rispettivamente 6.750 e 2.555 moschetti, 864 e 2552 archibugi, 8.032 e 2.623 picche, 327 brandiscocchi (Vaticana), 7 alabarde con frange verdi (Vaticana), 124 e 70 pistole a ruota de Fiandra, 8 e 4 springarde, 1.248 e 1905 morioni, 212 celate (Vaticana), 430 borgonotte (S.Angelo), 310 e 103 armature leggere da fanti, 494 e 147 corazze, oltre a forcelle, bandoliere, la dotazione individuale per fondere palle da moschetto, altri materiali ed atrezzi. Sono inventariati anche i materiali arrugginiti, rotti e sconpagnati.
Le armi di Castel Sant'Angelo sono trasferite nell'armeria Vaticana. Gli acquisti successivi (fino al 1634) comprendono 1.989 picche, 202 pistole, 182 corazze e 182 celate.