La Rivolta di Toussaint Louverture.
La popolazione nera di San Domingo (Hispaniola, o anche Haiti) si ribella contro i bianchi, guidata dal pastore Toussaint Louverture e da Giovanni Francesco (22 VIII 1791). I bianchi sono massacrati e le loro proprietà incendiate.
La Convenzione invia il generale Lavaux che entra in trattative con Toussaint Louverture il quale abbandona Giovanni Francese e passa al servizio della repubblica francese con il grado di colonnello. Toussaint Louverture ottiene il potere effettivo dell'isola, riconosciuto da numerosi governi americani e contattato dagli inglesi, costringe il proprio oppositore, il mulatto Rigaud, a lasciare l'isola, si auto-proclama generale in capo ed occupa la parte spagnola dell'isola in forza del trattato di Basilea.
Toussaint Louverture emette una nuova costituzione per l'isola di Santo Domingo, auto-nominandosi governatore a vita con diritto di scegliersi un successore, e chiede al console Bonaparte l'approvazione.

L'Occupazione di San Domingo.
Napolone decide di riprendere il controllo sulla colonia inviandovi una spedizone militare.
La flotta francese salpa da Brest (24 XII 1801) guidata dall'ammiraglio Villaret-Joyeuse, con un corpo di spedizione agli ordini del generale Charles Victor Emmanuel Leclerc, marito di Paolina Bonaparte e quindi cognato di Napoleone. In tutto, comprese le forze inviate successivamente, sono 21.200 uomini, in gran parte veterani della recente campagna di Germania e la vittoria di Hohenlinden.
La flotta di Leclerc si presenta davanti a Il Capo ma è accolta a cannonate, seguite dalla minaccia di massacrare i bianchi in caso di tentativo di sbarco. Questo è eseguito il mattino successivo dal generale Rochambeau con 6.000 uomini presso Limbe, più a ovest. I difensori, guidati da Cristoforo, incendiano la città con la distruzione di 740 case su 800 e di tutti i magazzini.
I francesi procedono all'occupazione dell'isola:

• Il generale Kerveseau occupa facilmente la parte spagnola dell'isola ottenendo la resa di Paolo Louverture (fratello di Toussaint).

• Il generale Rochambeau, dopo un vigoroso assalto, ottiene la resa del forte Delfino, munito di 150 cannoni.

• Il generale Humbert attacca Port de Paix che è incendiato dal generale nero Maurapas.

• Il generale Boudet entra in trattative con il generale bianco Agè, comandante di Port au Prince, ma la guarnigione si ribella, estromette il proprio generale e si prepara a resistere. La città è conquistata dopo un combattimento per le strade.

Il generale Dessalines fa incendiare Saint Marc ed inizia a devastare la campagna massacrando i bianchi, ma in dieci giorni i francesi controllano tutte le coste. Boudet ottiene la sottomissione del nero Laplume con le sue truppe, mentre Toussaint Louverture, Dessalines, Cristoforo e Maurepas si ritirano all'interno e disturbano le comunicazioni.
Leclerc, dopo aver tentato inutilmente di aprire trattattive, avanza verso l'interno con la divisione Hardy, il generale Rochambeau avanza da Forte Delfino, il generale Desfourneaux da Limbé, il generale Debelle da Port de Paix. I francesi prendono le forti posizioni di Dondon, La Marmelade, Ravine-à-Couleuvres ed Ennery respingendo gli avversari verso ovest.
Debelle insegue Toussaint Louverture fino al forte di Crête-à-Pierrot, raggiunto da Leclerc con la divisione Dugua. Il forte è assalito, pur mancando della necessaria artiglieria, e sono prese solo alcune posizioni esterne al prezzo di 600 caduti. Il blocco è rafforzato dall'arrivo delle divisioni Hardy e Rochambeau con l'artiglieria. Toussaint Louverture tenta di alleviare l'assedio con attacchi dall'esterno. A corto di viveri, gli assedianti effettuano una disperata sortita contro la divisione Rochambeau e riescono ad aprirsi un varco. Il forte con 15 cannoni, 2.000 fucili e numerosissimi corpi dei caduti nell'assedio resta in mano ai francesi, che lo radono al suolo e si garantiscono il controllo della parte occidentale dell'isola.
Dessalines e Cristoforo si sottomettono, seguiti da Toussaint Louverture che accetta di ritirasi a vita privata a Ennery, sotto sorveglianza francese. Per occupare l'isola è stata stati necessari 50 giorni.

La Febbre Gialla.
Con l'aiuto dei neri Cristoforo, Clervaux, Dessalines e Maurepas, Leclerc disarma la popolazione dell'isola raccogliendo 30.000 fucile. I provvedimenti di Toussaint Louverture sono confermati e nuove disposizioni sembrano ravvivare l'agricoltura ed il commercio. Sono formati alcuni reparti di truppe locali.
Anche i ribelle mulatti e neri di Guadalupa sono sottomessi da 3.500 francesi provenienti da Brest, guidati dal generale Richepanse (VI 1802) che però poco dopo muore colpito dalla febbre gialla. L'epidemia si estende a tutte le truppe francesi che sono decimate.
Toussaint Louverture, incolpato da alcune sue lettere di ravvivare la rivolta, è arrestato ed inviato in Francia. Rinchiuso nel forte di Joux vi muore due anni dopo. I reparti locali, immuni alla febbre gialla, sono disarmati.
Clervaux e Pétion si uniscono ai ribelli con tre reggimenti (12 IX) ed investono Cap Français (16 IX), raggiunti da Cristoforo e Paolo Louverture. Il mulatto La Mariniére rifiuta di unirsi ai ribelli ed è ucciso dalle sue truppe. Solo il comandante nero Laplume rimane fedele ai francesi; 4-500.000 neri locali inosorgono contro gli 8.000 francesi ancora validi, dispersi nei presidi dell'isola.
Leclerc sgombra i forti Delfino, Port-de-Paix e Port-au-Prince, concentrando le truppe a Il Capo, ma colpito dalla febbre gialla muore (2 XI 1802). In nove mesi (II-XI) l'esercito ha perduto il comandante in capo, 12 generali, 1.500 ufficiali, 750 ufficiali sanitari, 25.000 soldati, 8.000 marinai civili, 2.000 impiegati e 3.000 civili giunti dalla Francia; di questi solo 5.000 sono caduti in combattimento, il resto per la febbre gialla. Restano solo 9.500 uomini dei quali 7.000 degenti negli ospedali (ne sopravviverà un terzo). Muoiono inoltre i nove decimi della popolazione.

L'Intervento Inglese.
La Gran Bretagna dichiara guerra alla Francia (16 V 1803).
A San Domingo Rochambeau cambia la strategia e la politica del predecessore Leclerc, tenta di rioccupare i forti Delfino e Port-de-Paix ed è ostile ai mulatti, che quindi si uniscono ai neri nella rivolta. L'ovest ed il sud dell'isola cadono sotto il controllo degli insorti, che fanno strage dei bianchi e ricevono aiuti anche dall'Inghilterra.
Rochambeau, bloccato a Il Capo da un esercito di 15.000 uomini e dalla flotta inglese è costretto ad arrendersi con la flotta.
Il generale Noailles si imbarca su 7 navi dal molo di San Nicola e si accoda non visto alla squadra inglese, per lasciarla presso Cuba, dove trova rifugio e cattura una corvetta inglese, ma muore all'Avana per le ferite riportate nell'abbordaggio.