Dopo la sconfitta del Mysore, gli inglesi diventano la potenza egemone nel Deccan. Non mancano i tentativi di resistenza che sono però presto sedati.
Srafoji Rao Bhonsle II signore maratto di Tanjore è costretto a cedere l'amministrazione del suo stato agli inglesi, rimanendo di fatto padrone solo del forte di Tanjore e dei dintorni (1799).

Il "brigante" Dhoondia Wao.
Dopo la morte di Tipu numerose truppe del Mysore si riuniscono sotto la guida di Doondia Wao, saccheggiano il Bendore (VIII 1799) ma sono sconfitte dai maratti che tolgono loro tutto il bottino. Dhoondia Wao raduna 40.000 uomini presso Dharwa, si autonomina "Re dei Due Mondi" e saccheggia i territori maratti (V 1800).
Arthur Wellesley, al suo primo comando generale, raduna a Chitaldroog (VI 1800) il 25° dragoni, i reggimenti 73° e 77° (capitano Malcolm Macpherson) ed un grosso contingente di truppe native.
Wellesley ottiene il permesso di varcare il confine maratto, supera il Toombuddra presso Hurryhur (26 VI), prende il forte di Ranee Bednore (27 VI), raggiunge Savonore (12 VII) ed occupa Koondgul (14 VII), facendo scalara le mura, ma Doondia Wao elude gli avversari che quindi rientrano a Savonore.
Il maltempo rallenta le operazioni militari ma dopo la cattura del forte di Dummul (26 VII), Wellesley effettua una rapida marcia sorprende e sconfigge parte delle truppe di Doondia Wao a Manoli sul fiume Malpurba (30 VII), catturando 6 pezzi d'artiglieria, che gli avversari hanno gettato nel fiume, e tutti i loro bagagli.
La caccia a Dhoondia Wao, rimasto con 5.000 uomini, procede in due colonne lungo il Malpurba nei territori del nizam. Il colonnello Stevenson lo ingaggia a Conahgull (9 IX), raggiunto il mattino successivo (10 IX) da Wellesley che attacca con 4 reggimenti di cavalleria e disperde gli avversari. Dhoondia rimane tra i caduti, suo figlio è catturato e giustiziato.

I naik di Panchalankurichi (Polygar War).
Il maggiore Bannerman assedia Panchalankurichi (5 IX 1799), del naik "ribelle" Kattabommu Subba, che fugge ad Ettayapuram presso il polygar di Kolarpatti, poi nella foresta di Thirukalambur, ma è catturato dal signore di Pudukottai. Il maggiore Bannerman lo fa giustiziare (XI 1799) e fa radere al suolo il forte di Panchalankurichi.
Oomai Durai, fratello del naik ribelle, è imprigionato a Palayamkottai ma è liberato da 16 dei suoi uomini travestiti da pellegrini (2 II 1801), riedifica il forte di Panchalankurichi e raduna 5.000 uomini.
Il maggiore Macaulay con il 74° attacca il forte (30 III 1801) ma è respinto. Agli assedianti si unisce il colonnello Agnew con il 77° reggimento, alcune truppe native e 6 pezzi d'artiglieria (23 V) ed il forte è conquistato con un assalto (25 V). Oomai Durai fugge ferito con 2.000 uomini a Sivaganga da Maruthupandiars. Gli inglesi guidati da Agnew avanzano nella giungla verso il forte di Kalayarkoil (22 VII), con 2.000 uomini addetti ad aprire la pista, finchè la dissenteria li costringe a tornare a Ookoor (2 IX). La marcia è ripresa su tre colonne (con i colonnelli Spry ed Innes) ed il forte è catturato (1 X).
Oomai Durai è nuovamente sconfitto (17 X 1801), ferito gravemente e catturato con suo fratello Duraisingham. Entrambi sono giustiziati come traditori legati alla bocca di un cannone (16 XI 1801).

Il Leone del Kerala.
Le province di Canara, Coimbatore, Wayanad e Dharpouram, sulla costa del Malabar, sono annesse alla Madras Precidency (21 V 1800), ma bisogna sedare la guerrigia guidata da Mulhar Rao nella provincia di Baroda (1801-1802), vi partecipa anche il 73°.
Kerala Varma rajà di Pazhassi reclama il distretto di Wayanad, si ribella nuovamente (1800) e persegue un'efficace guerriglia con la tribù kurichiar ottenendo il soprannome di "Leone del Kerala"
Il colonnello Stevenson separa il rajà dai suoi sostenitori del Malabar meridionale (1801) e pacifica la regione (V 1801). Il rajà è costretto a nascondersi nella giungla con la moglie e pochi seguaci, ma continua la guerriglia.
Gli inglesi dichiarano ribelle chiunque aiuti i ribelli fornendo loro viveri, armi e munizione e chiunque non segnali i movimenti dei guerriglieri (24 V 1804), poi confiscano i suoi dominî, mettono una taglia sulla sua testa e su quella dei suoi ufficiali (16 VI).
"Il Leone del Kerala" è circondato nella giungla di Mananthavadi e si uccide per non cadere prigioniero (30 XI 1805).

Il "Vellore Mutiny".
L'ordine di John Cradock di eliminare orecchini e tagli di capelli distintivi di casta ed adottare i nuovi shakò causa le proteste dei due battaglioni di sepoy di presidio a Vellore: 1.500 sepoy dei battaglioni 1° e 23° (V 1806). Il governatore generale William Bentinck rigetta le proteste. Gli agitatori sono degradati e multati ma la ribellione si riaccende (9 VII 1806). Il secondogenito di Tipu con tre dei suoi fratelli si trovano in città ed alcuni loro servi si uniscono ai sepoy innalzando la bandiera verde del Mysore.
I ribelli assaltano di notte le case degli ufficiali inglesi e massacrano parte delle 4 compagnie del 69° (370 uomini). I superstiti raggiungono combattendo la caserma, che è già stata saccheggiata, quindi si arroccano presso un portone, a corto di munizioni. Dall'infermeria sono prelevati 15 soldati inglesi che sono giustiziati di fronte ai propri commilitoni.
Il giorno seguente da Arcot giunge il colonnello Gillespie con uno squadrone del 13° dragoni ed alcune compagnie di cavalieri nativi (ore 8:00), seguito dal resto del reggimento con l'artiglieria (ore 10:00).
La rivolta è sedata con un duro combattimento. I ribelli lasciano 3-400 caduti e numerosi prigionieri che sono in parte giustiziati. Cradock e Bentinck sono richiamati. I familiari di Tipu sono trasferiti in Bengala.

La Rivolta del Travancore e del Cochin.
Il rajà di Travancore riduce le spese militari ma le truppe si ammutinano e deve firmare un trattato che aumenta il tributo da versare agli inglesi (I 1805).
Gli inglesi chiedono gli arretrati del tributo causando una nuova rivolta, guidata dal primo ministro Velu Thampi Dalawa (1808-1809), con l'aiuto di Paliath Achan primo ministro del Cochin. I ribelli chiedono aiuto alla Francia ed agli Stati Uniti.
Thampi Dalawa emette un proclama d'indpendenza ed esorta la popolazione a combattere gli inglesi (11 I 1809) ma i ribelli sono sconfitti presso la capitale Quilon. Il colonnello Leger entra nel Travancore per il passo di Aramboli e blocca Trivandrum. Paliath Achan sconfigge gli inglesi nel Cochin.
Il rajà di Travancore ordina l'arresto di Thampi Dalawa che si rifugia nel tempio di Bhagavati a Mannadi e si uccide per evitare la cattura.